En el año 2007 Deportes Puerto Montt desciende a Primera B después de 5 años en Primera A, la primera división del fútbol profesional chileno, luego de una mala temporada donde se ubico en el 18° puesto en la tabla acumulada (el antepenúltimo lugar), donde accedió a una liguilla de promoción en la cual no logro mantenerse en la primera categoría.
Luego de esto, el equipo comienza su campaña en Primera B, donde realizo buenas temporadas los primeros años, hasta el 2012 donde el rendimiento fue decayendo y Puerto Montt recibe un duro golpe tras descender un escalón mas, ahora debía disputar en la Segunda División del balonpie nacional, en el fútbol amateur. Después de una larga lucha en esta categoría, el equipo del sur logra una gran campaña en la temporada 2013-2014, donde en la penúltima fecha se enfrenta a Iberia quien le gana y deja sin opciones a Los Delfines.
En la próxima temporada, 2014-2015, Deportes Puerto Montt se consagra campeón de la Segunda División y sube a Primera B del fútbol profesional chileno.